Single-celltranscriptomicsrevealsthealterationofperipheralbloodmononuclearcellsdrivenbysepsis.

南方医科大学第二临床医医院急诊与重症医学科

影响因子：3.，年1月13日提交，于年1月23日接受发布，10天就接收了，呜呜！

doi：10./atm..02.35

背景：败血症是由感染引起的一种严重的全身性炎症反应综合征，死亡率极高。外周血单个核细胞（PBMC）在针对感染的免疫反应中起关键作用，其组成和功能在败血症中发生了根本性的改变。在这里，作者想在单细胞转录水平上表征败血症中PBMC的变化。

方法：作者从7名败血症患者和4名捐献者中分离了PBMC。基于BDRhapsody，通过单细胞RNA测序生成PBMC，并通过无监督聚类和注释分析对细胞类型进行聚类和命名。

结果：对PBMCs进行了6种细胞类型的分析，详细显示了T细胞和单核细胞的生物学特性。作者注意到，单核细胞可以聚集为6个子集，在败血症驱动的组成，基因谱和信号传导途径的改变中具有很大的异质性。此外，代表性基因的表达与败血症临床指标在单核细胞簇（如NEAT1）中的表达高度相关。

结论：尽管该研究是初步的，但作者揭示了败血症特异性的PBMC改变和相关途径。这些结果提供了败血症驱动的PBMC组成，基因谱和途径特征的全景图，这为了解临床实践中的疾病进展或治疗提供了独特的视角。

在本研究中，作者基于BDRhapsody技术，采用了混样的方法做的单细胞测序，通过单细胞转录组学对败血症中PBMC的生物学特性进行了全面的创新分析，着重观察了单核细胞的变化，在单核细胞的不同亚群中功能和生物学特性差异很大，某些代表性基因的表达很高。与败血症驱动的单核细胞簇中的败血症指标有关。文章样本疾病组7例，分析内容较少，数据没有做很深的挖掘，估计这也是没有发更高分的原因吧。

分离-PBMC-制备混悬液-上机测序（BDRhapsody单细胞分析系统）-tSNE降维-标记基因的鉴定和细胞类型注释-信号通路分析（GSVA）-细胞类型比例分析

从7名败血症患者（SP1-SP7）和4名对照（2名供体合并为1个样品，总共2个用于测序的样品，CT1-CT2）和4个对照中分离了PBMC。

然后通过单细胞RNA测序技术（BDRhapsody）分析这些样品（图1A）。回收的细胞总数为26,，其中对照组为3,，败血症患者为23,，中位基因范围正常（图1B）。根据表达谱，PBMC聚类为9种细胞组成，这些组成由t分布随机邻居嵌入（tSNE）表示；每个细胞部分都用条形图表示（图1C）。所有细胞还通过疾病状态（对照和败血症）进行区分，以显示由败血症驱动的细胞簇的变化（图1D）。

作者确定了6种主要细胞类型，包括：

B细胞（MS4A1+），

DC细胞（CD11b+），

单核细胞（CD68+），

自然杀伤细胞（CD3D-和NKG7+），

自然杀伤性T细胞（CD56+），

图1来自单细胞水平的对照组和败血症患者的PBMC的转录组图谱

（A）显示PBMC转录组实验的示意图；

（B）通过质量过滤的细胞数量和基因的中位数（2个对照样品CT1-CT2；7个败血症患者SP1-SP7）；

（C）PBMC的tSNE图可视化显示了6种细胞类型（左），条形图显示了正常对照和败血症患者的细胞比例（右）；

（D）正常起源对照的受试者和败血症患者以明显的颜色显示；

（E）二维tSNE可视化显示的已建立细胞标志物的表达水平。

T细胞是巨大的细胞类型，似乎能够聚集成更多子集（图1C）。为了进一步了解T细胞的特定种群迁移，作者使用SeuratR包从对照和败血症中提取了所有T细胞。T细胞被分为2个子集（细胞毒性T和辅助T）（图2A）。正常对照和败血症之间在代表性选定基因的表达分布上没有显著差异（图2B）。比较对照组和患者之间的显著差异基因，作者发现RPS26，HLA-C，RBM38等被下调，而TXNIP，PPPDF，PINM2等上调。败血症相对于对照在败血症中高表达，表明败血症诱导的基因表达发生更广泛的变化（[图2C](