经皮肾镜手术和输尿管软镜手术是最常用的两种治疗肾结石和输尿管上段结石的微创手术方法。这两种方法各有优缺点。

经皮肾镜手术先从腰部打孔建立进入肾脏排尿管道的通道，从通道置入肾镜，找到结石，击碎并清除结石。通道大小可以根据结石大小及放置碎石设备大小的不同而定制，通常通道越大，碎石效率越高，但风险也会增加。由于肾脏血管丰富，肾脏打孔有一定风险，主要是肾脏损伤和大出血，因此对打孔精确度要求较高。

输尿管软镜从尿道置入，经过弯曲的排尿管道进入到肾脏内，多数情况下会在弯曲的排尿管道内放置导入鞘便于反复放置软镜。软镜下使用的碎石设备较少，通常采用激光击碎结石，再用套石网篮将稍大结石碎块取出，但会遗留不少小碎石块，需要后续排石。理论上讲，输尿管软镜手术风险较小，但并非没有风险，败血症和输尿管损伤狭窄是该手术较严重的并发症。

较大、复杂的肾结石和输尿管上段结石常需要选择经皮肾镜手术，而简单的肾结石选择输尿管软镜手术。具体方法的选择还需要考虑患者的身体状况、医院的设备及手术医生的经验。